Hak asasi manusia merupakan hak dasar yang secara kodrati melekat pada diri manusia, bersifat universal dan langgeng. Oleh karena itu harus dilindungi, dikurangi, atau dirampas oleh siapa pun.

Pelanggaran hak asasi manusia yang berat, yang terjadi pada masa sebelum berlakunya Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan Hak Asasi Manusia harus ditelusuri kembali untuk mengungkapkan kebenaran serta menegakkan keadilan dan membentuk budaya menghargai hak asasi manusia sehingga dapat diwujudkan rekonsiliasi guna persatuan nasional. Pengungkapan kebenaran juga demi kepentingan para korban dan/atau keluarga korban yang merupakan ahli warisnya untuk mendapatkan kompensasi, restitusi, dan/atau rehabilitasi.

Untuk mengungkap pelanggaran hak asasi manusia yang berat, perlu dilakukan langkah-langkah konkret dengan membentuk Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi sesuai dengan yang diamanatkan oleh Pasal 47 ayat (2) Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan Hak Asasi Manusia. Selain amanat tersebut, pembentukan Undang-Undang tentang Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi ini juga didasarkan pada Ketetapan Majelis Permusyawaratan Rakyat Nomor V/MPR/2000 tentang Pemantapan Persatuaan dan Kesatuan Nasional yang menugaskan untuk membentuk Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi Nasional sebagai lembaga ekstra yudisial yang jumlah anggota dan kriterianya ditetapkan dalam undang-undang.

Selain bertugas untuk menegakkan kebenaran dengan mengungkapkan pelanggaran hak asasi manusia yang berat yang terjadi pada masa sebelum berlakunya Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan Hak Asasi Manusia, Komisi ini juga melaksanakan rekonsiliasi dalam perspektif kepentingan bersama sebagai bangsa. Langkah-langkah yang ditempuh adalah pengungkapan kebenaran, pengakuan kesalahan, pemberian maaf, perdamaian, penegakkan hukum, amnesti, rehabilitasi, atau alternatif lain yang bermanfaat untuk menegakkan persatuan dan kesatuan bangsa dengan tetap memperhatikan rasa keadilan dalam masyarakat.

Pembentukan Undang-Undang tentang Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi didasarkan pada pertimbangan:

Undang-Undang tentang Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi secara substansial berbeda dengan ketentuan yang diatur dalam Undang-Undang tentang Pengadilan Hak Asasi Manusia. Undang-undang ini tidak mengatur tentang proses penuntutan hukum, tetapi mengatur proses:

Berdasarkan fakta-fakta yang ditemukan oleh Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi, pihak yang harus bertanggungjawab atas terjadinya pelanggaran hak asasi manusia yang berat yang terjadi pada masa sebelum berlakunya Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang pengadilan Hak Asasi Manusia harus diidentifikasi. Apabila pelaku mengakui kesalahan, mengakui kebenaran fakta-fakta, menyatakan penyesalan atas perbuatannyaa, dan bersedia meminta maaf kepada korban atau keluarga korban yang merupakan ahli warisnya, pelaku pelanggaran hak asasi manusia yang berat dapat mengajukan permohonan amnesti kepada Presiden. Apabila permohonan amnesti tersebut beralasan, Presiden dapat menerimaa permohonan tersebut, dan kepada korban harus diberikan kompensasi dan/atau rehabilitasi. Apabila permohonan amnesti ditolak maka kompensasi dan/atau rehabilitasi tidak diberikan oleh negara, dan perkaranya ditindaklanjuti untuk diselesaikan berdasarkan ketentuan Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan Hak Asasi Manusia.

Apabila terhadap pelanggaran hak asasi manusia yang berat telah diputus oleh Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi, maka pengadilan hak asasi manusia ad hoc tidak berwenang memutuskan, kecuali apabila permohonan amnesti ditolak oleh Presiden. Demikian pula sebaliknya, terhadap pelanggaran hak asasi manusia yang berat yang sudah diberi putusan oleh pengadilan hak asasi manusia ad hoc maka Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi tidak berwenang memutuskan. Dengan demikian, putusan Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi atau putusan pengadilan hak asasi manusia ad hoc bersifat final dan mengikat.

Adapun Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi ini dibentuk berdasarkan asas-asas sebagai berikut: