Untuk mewujudkan pengelolaan keuangan negara sesuai dengan ketentuan yang telah ditetapkan dalam Undang-undang Nomor 17 tahun 2003 tentang Keuangan Negara dan Undang-undang No. 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara perlu dilakukan pemeriksaan oleh satu badan pemeriksa keuangan yang bebas dan mandiri, sebagaimana telah ditetapkan dalam Pasal 23E Undang-undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945. Dalam pelaksanaan tugas pemeriksaan pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara, sampai saat ini, BPK masih berpedoman kepada Instructie en Verdere Bepalingen voor de Algemene Rekenkamer atau IAR (Staatsblad 1898 Nomor 9 sebagaimana telah diubah terakhir dengan Staatsblad 1983 Nomor 320). Sampai saat ini BPK, yang diatur dalam Undang-undang No. 5 Tahun 1973 tentang Badan Pemeriksa Keuangan, masih belum memiliki landasan operasional yang memadai dalam pelaksanaan tugasnya untuk memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara. Sebelum berlakunya Undang-undang No. 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara, selain berpedoman pada IAR, dalam pelaksanaan pemeriksaan BPK juga berpedoman pada Indisaie Comptabil/teitswet atau ICW (Staatsblad 1925 Nomor 448 Jo. Lembaran Negara 1968 No. 53).

Agar BPK dapat mewujudkan fungsinya secara efektif, dalam Undang-undang ini diatur hal-hal pokok yang berkaitan dengan pemeriksaan pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara sebagai berikut:

Sebagaimana telah ditetapkan dalam Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945, pemeriksaan yang menjadi tugas BPK meliputi pemeriksaan atas pengelolaan dan tanggung jawab mengenai keuangan negara. Pemeriksaan tersebut mencakup seluruh unsur keuangan negara sebagaimana dimaksud dalam Pasal 2 Undang-undang No. 17 tahun 2003 tentang Keuangan Negara. Sehubungan dengan itu, kepada BPK diberi kewenangan untuk melakukan 3 (tiga) jenis pemeriksaan, yakni:

Pelaksanaan pemeriksaan sebagaimana dimaksudkan di atas didasarkan pada suatu standar pemeriksaan. Standar dimaksud disusun oleh BPK dengan mempertimbangkan standar di lingkungan profesi audit secara internasional. Sebelum standar dimaksud ditetapkan, BPK perlu mengkonsultasikannya dengan pihak pemerintah serta dengan organisasi profesi di bidang pemeriksaan.

BPK memiliki kebebasan dan kemandirian dalam ketiga tahap pemeriksaan, yakni perencanaan, pelaksanaan, dan pelaporan hasil pemeriksaan. Kebebasan dalam tahap perencanaan mencakup kebebasan dalam menentukan obyek yang akan diperiksa, kecuali pemeriksaan yang obyeknya telah diatur tersendiri dalam undang-undang, atau pemeriksaan berdasarkan permintaan khusus dari lembaga perwakilan.

Untuk mewujudkan perencanaan yang komprehensif, BPK dapat memanfaatkan hasil pemeriksaan aparat pengawasan intern pemerintah, memperhatikan masukan dan pihak lembaga perwakilan, serta informasi dari berbagal pihak. Sementara itu kebebasan dalam penyelenggaraan kegiatan pemeriksaan antara lain meliputi kebebasan dalam penentuan waktu pelaksanaan dan metode pemeriksaan, termasuk metode pemeriksaan yang bersifat investigatif. Selain itu, kemandirian BPK dalam pemeriksaan keuangan negara mencakup ketersediaan sumber daya manusia, anggaran, dan sarana pendukung lainnya yang memadai. BPK dapat memanfaatkan hasil pekerjaan yang dilakukan oleh aparat pengawasan intern pemerintah. Dengan demikian, luas pemeriksaan yang akan dilakukan dapat disesuaikan dan difokuskan pada bidang-bidang yang secara potensial berdampak pada kewajaran laporan keuangan serta tingkat efisiensi dan efektivitas pengelolaan keuangan negara. Untuk itu, aparat pengawasan intern pemerintah wajib menyampaikan hasil pemeriksaannya kepada BPK. BPK diberi kewenangan untuk mendapatkan data, dokumen, dan keterangan dari pihak yang diperiksa, kesempatan untuk memeriksa secara fisik setiap aset yang berada dalam pengurusan pejabat instansi yang diperiksa, termasuk melakukan penyegelan untuk mengamankan uang, barang, dan/atau dokumen pengelolaan keuangan negara pada saat pemeriksaan berlangsung.

Hasil setiap pemeriksaan yang dilakukan oleh BPK disusun dan disajikan dalam laporan hasil pemeriksaan (LHP) segera setelah kegiatan pemeriksaan selesai. Pemeriksaan keuangan akan menghasilkan opini. Pemeriksaan kinerja akan menghasilkan temuan, kesimpulan, dan rekomendasi, sedangkan pemeriksaan dengan tujuan tertentu akan menghasilkan kesimpulan. Setiap laporan hasil pemeriksaan BPK disampaikan kepada DPR/DPD/DPRD sesuai dengan kewenangannya ditindaklanjuti, antara lain dengan membahasnya bersama pihak terkait.

Selain disampaikan kepada lembaga perwakilan, laporan hasil pemeriksaan juga disampaikan oleh BPK kepada pemerintah. Dalam hal laporan hasil pemeriksaan keuangan, hasil pemeriksaan BPK digunakan oleh pemerintah untuk melakukan koreksi dan penyesuaian yang diperlukan, sehingga laporan keuangan yang telah diperiksa (audited financial statements) memuat koreksi dimaksud sebelum disampaikan kepada DPR/DPRD. Pemerintah diberi kesempatan untuk menanggapi temuan dan kesimpulan yang dikemukakan dalam laporan hasil pemeriksaan. Tanggapan dimaksud disertakan dalam laporan hasil pemeriksaan BPK yang disampaikan kepada DPR/DPRD. Apabila pemeriksa menemukan unsur pidana, Undang-undang ini mewajibkan BPK melaporkannya kepada instansi yang berwenang sesuai dengan peraturan perundang-undangan. BPK diharuskan menyusun ikhtisar hasil pemeriksaan yang dilakukan selama 1 (satu) semester. Ikhtisar dimaksud disampaikan kepada DPR/DPD/DPRD sesuai dengan kewenangannya, dan kepada Presiden serta gubernur/bupati/walikota yang bersangkutan agar memperoleh informasi secara menyeluruh tentang hasil pemeriksaan. Dalam rangka transparansi dan peningkatan partisipasi publik, Undang-undang ini menetapkan bahwa setiap laporan hasil pemeriksaan yang sudah disampaikan kepada lembaga perwakilan dinyatakan terbuka untuk umum. Dengan demikian, masyarakat dapat memperoleh kesempatan untuk mengetahui hasil pemeriksaan, antara lain melalui publikasi dan situs web BPK. Undang-undang ini mengamanatkan pemerintah untuk menindaklanjuti rekomendasi BPK. Sehubungan dengan itu, BPK perlu memantau dan menginformasikan hasil pemantauan atas tindak lanjut tersebut kepada DPR/DPD/DPRD.

Sebagaimana diamanatkan dalam Pasal 62 ayat (3) Undang-undang No. 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara, Undang-undang ini mengatur lebih lanjut tentang pengenaan ganti kerugian negara/daerah terhadap bendahara. BPK menerbitkan surat keputusan penetapan batas waktu pertanggung jawaban bendahara atas kekurangan kas/barang yang terjadi, setelah mengetahui ada kekurangan kas/barang dalam persediaan yang merugikan keuangan negara/daerah. Bendahara tersebut dapat mengajukan keberatan terhadap putusan BPK. Pengaturan tata cara penyelesaian ganti kerugian negara/daerah ini ditetapkan oleh BPK setelah berkonsultasi dengan pemerintah.