Ketentuan dalam Pasal 40 ayat (1) dan ayat (2) Peraturan Pemerintah Nomor 6 Tahun 2005 tentang Pemilihan, Pengesahan Pengangkatan, dan Pemberhentian Kepala Daerah dan Wakil Kepala Daerah, sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Pemerintah Nomor 17 Tahun 2005 perlu disesuaikan dengan ketentuan dalam Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2004 Nomor 125, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 4437), sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 8 Tahun 2005 tentang Penetapan Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2005 tentang Perubahan Atas Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah Menjadi Undang-Undang (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2005 Nomor 108, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 4548) khususnya Pasal 59 ayat (5) huruf f, Pasal 79 ayat (3) huruf b, dan Pasal 110 ayat (3).

Pasal 59 ayat (5) huruf f Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 menyatakan bahwa pada saat mendaftarkan pasangan calon Kepala Daerah, wajib menyerahkan antara lain surat pernyataan kesanggupan mengundurkan diri dari jabatannya apabila terpilih menjadi Kepala Daerah atau Wakil Kepala Daerah sesuai dengan peraturan perundang-undangan.

Lebih lanjut dalam Pasal 79 ayat (3) huruf b menyatakan pejabat negara yang menjadi calon Kepala Daerah dan Wakil Kepala Daerah dalam melaksanakan kampanye harus menjalani cuti di luar tanggungan negara. Selain itu, Pasal 110 ayat (3) menyatakan Kepala Daerah dan Wakil Kepala Daerah memegang jabatan selama 5 (lima) tahun terhitung sejak pelantikan dan sesudahnya dapat dipilih kembali dalam jabatan yang sama hanya untuk satu kali masa jabatan, sedangkan Pasal 40 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 6 Tahun 2005 menyatakan Kepala Daerah dan/atau Wakil Kepala Daerah yang menjadi calon Kepala Daerah dan/atau Wakil Kepala Daerah di daerah lain wajib mengundurkan diri dari jabatannya sejak saat pendaftaran oleh Partai Politik atau Gabungan Partai Politik. Kemudian pada ayat (2) dinyatakan bahwa Bupati/Wakil Bupati atau Walikota/Wakil Walikota yang dicalonkan oleh Partai Politik atau Gabungan Partai Politik menjadi calon Gubernur atau Wakil Gubernur wajib mengundurkan diri dari jabatannya sejak pendaftaran.

Sementara dengan Putusan Mahkamah Agung Nomor 41 P/HUM/2006 tanggal 21 November 2006, ketentuan Pasal 40 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 6 Tahun 2005 menjadi berbunyi: "Kepala Daerah dan/atau Wakil Kepala Daerah yang dicalonkan oleh Partai Politik atau Gabungan Partai Politik menjadi calon Kepala Daerah dan/atau Wakil Kepala Daerah, wajib mengundurkan diri sejak saat pendaftaran oleh Partai Politik atau Gabungan Partai Politik."

Dengan Putusan Mahkamah Agung tersebut di atas maka ketentuan Pasal 40 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 6 Tahun 2005 masih harus disesuaikan dengan Pasal 79 ayat (3) huruf b Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004. Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 menyatakan harus cuti, sementara Peraturan Pemerintah (setelah Putusan Mahkamah Agung) menyatakan wajib mengundurkan diri.

Sejalan dengan Undang-Undang Nomor 8 Tahun 1974 tentang Pokok-Pokok Kepegawaian sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 43 Tahun 1999, Gubernur/Wakil Gubernur, Bupati/Wakil Bupati, dan Walikota/Wakil Walikota merupakan pejabat negara, sehingga apabila menjadi calon Kepala Daerah/Wakil Kepala Daerah maka ketika melaksanakan kampanye harus menjalankan cuti di luar tanggungan negara.

Peraturan pemerintah ditetapkan untuk menjalankan undang-undang sebagaimana mestinya sehingga Peraturan Pemerintah Nomor 6 Tahun 2005 harus sesuai dengan Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 sebagai undang-undang yang mendelegasikan pengaturan lebih lanjut. Oleh karena Peraturan Pemerintah Nomor 6 Tahun 2005 perlu disesuaikan dengan Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 maka perlu menetapkan Peraturan Pemerintah tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Pemerintah Nomor 6 Tahun 2005 tentang Pemilihan, Pengesahan Pengangkatan, dan Pemberhentian Kepala Daerah dan Wakil Kepala Daerah.